Di antara Masyaikh Naqsyabandiyah yang datang ke India adalah Baqi Billah, ia dilahirkan di Kabul tahun 1564 dan telah belajar pada beberapa tokoh Naqsyabandiyah sebelum ia bermukim di India. Beliau mempunyai dua orang khalifah yang bernama Ahmad Sirhindi dan Taj al-Din, dari kedua orang ini yang paling berpengaruh adalah Ahmad Sirhindi. Dengan perjuangan beliau, Tarekat Naqsyabandiyah mengalami perkembangan yang pesat di India. Syekh Ahmad Sirhindi dikenal juga dengan Mujaddid Alf al-Tsani atau Pembaru Islam awal milenium ke-2 zaman Islam.
Di belakang namanya, tarekat ini dikenal sebagai tarekat Mujaddidiyah Naqsyabandiyah sebagaimana dikatakan Syah Waliyullah mengenai beliau, Dia adalah Perintis dalam melenium kedua zaman Islam, dan ia menyebabkan kaum muslim berutang budi yang tidak mungkin bisa dilunasi. Barang siapa yang mengingkari kewaliannya, maka ia sesungguhnya adalah seorang durjana.[1]
Syekh Sirhindi hijrah ke Mekkah, manakala berhasil mengukuhkan dirinya sebagai penerus Baqi Billah di Delhi, Taj al-Din yang dianggap sebagai saingannya yang gigih dalam membela konsep wahdatul wujud, dengan kecewa meninggalkan Delhi. Di negeri kelahiran rasulullah Saws, beliau belajar dinegeri tersebut pada seorang sufi yang cukup masyhur, Ahmad bin Ibrahim bin Allan, menjadi muridnya dan kemudian menjadi khalifahnya.
Selanjutnya Taj al-Din mengangkat dua orang khalifah di Yaman, yaitu Ahmad bin Ujail dan Muhammad Abd. al-Baqi. Abd. al-Baqi ini adalah pembimbing Yusuf Makassari yang tercatat sebagai orang pertama yang memperkenalkan Tarekat Naqsyabandiyah di Nusantara.[2]
Penyebaran tarekat naqsyabandi terus mendapat sambutan yang luas masyarakat dunia, hingga tarekat Naqsyabandiyah ini menyebar sampai ke Nusantara berasal dari pusatnya di Makkah, yang dibawa oleh para pelajar Indonesia yang belajar di sana dan oleh para jamaah haji Indonesia.
Mereka ini kemudian memperluas dan menyebarkan tarekat ini ke seluruh pelosok Nusantara. Berlainan tempat penyebaran tarekat ini di Indonesia, berlainan pula pelopornya masing-masing, di Riau terkenal dengan Syekh Muhammad Yusuf, di Minangkabau terkenal dengan Syekh Jalaluddin dari Cangking dan banyak tokoh-tokoh lain yang menyebarkan ajaran tarekat ini.