Sekalipun pemerintah kolonial bersikap sangat keras terhadap Pan Islam (gerakan yang mempersatukan segenap umat Islam), tapi pada abad ke-19 itu, pemikiran, ide dan gagasan Pan Islam Sayid Jamaluddin Al-Afghani, Sheikh Muhammad Abduh dan Sayid Rasyid Ridha banyak yang sampai ke Indonesia. Pan Islam sampai ke Nusantara melalui 'selundupan'.
Sejalan dengan jiwa kebangkitan nasional waktu itu, di kalangan para ulama dan pemimpin agama di Indonesia timbul cita-cita menyusun barisan dan menggalang persatuan nasional di kalangan umat Islam. Maka muncul patriot-patriot Islam seperti KH Samanhudi, HOS Tjokroaminoto, KH Ahmad Dahlan, H Agus Salim dan masih banyak lagi.
Karena sebagian besar rakyat Indonesia beragama Islam, maka kebangkitan Islam ini merupakan kebangkitan rakyat Indonesia umumnya, dan kaum Muslimin khususnya. (Sagumin MD: Jakarta dari Tepian Air ke Kota Proklamasi).
Untuk mengimbangi semangat kemerdekaan itu, pihak kolonial menjalankan berbagai kebijakan yang merugikan. Seperti mengurangi atau menghancurkan sama sekali pengaruh para ulama, kiai dan para santri.
Belanda 'Kebiri' Guru Ngaji
Belanda juga membentuk dan membina pemimpin rakyat yang berasal dari lingkungan pendidikan Barat. Mereka diharapkan setia dan patuh pada Pemerintah Hindia Belanda.
Setelah terjadinya peristiwa Cilegon (1888), maka pendidikan agama Islam pun diawasi. Karena pemberontakan para petani di Banten itu dinilai dimotori para haji dan guru agama.
Pada 1905 lahirlah suatu peraturan tentang pendidikan agama Islam yang disebut dengan Ordonansi Guru. Peraturan ini sangat memberatkan guru-guru agama yang tidak memiliki administrasi yang memadai dalam mengelola pengajiannya.
Selanjutnya Belanda secara intensif memperluas pengaruh kebudayaan dan menambah pengaruh Barat (Belanda). Maksudnya adalah jelas guna melemahkan dan mengurangi pengaruh-pengaruh dari ajaran Islam.
Politik Pecah Belah Belanda