Pada tanggal 2 Juni 2003, Pemerintah Swedia menutup kantor kedutaannya di Jakarta. Penutupan dilakukan terkait dengan keberadaan pimpinan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) yang bermukim di Swedia yang mengendalikan pemberontakan di Aceh.
Akibat persoalan Aceh ini, hubungan diplomatik Swedia dengan Indonesia jadi terganggu. Penutupan kantor Kedutaan Swedia di Jakarta itu juga dilakukan sebagai respon Swedia atas pernyataan Pemerintah Republik Indonesia melalui Sesmenkopolkam Sudi Silalahi sehari seelumnya yang menyiapkan opsi untuk Swedia, salah satunya pemutusan hubungan diplomatik.
Pemerintah Indonesia mengaku kecewa kepada Swedia karena tidak memproses permintaan untuk menghukum pentinggi GAM yang bermukim di sana. Padahal Pemerintah Indonesia melalui tim yang diketuai oleh mantan Menteri Luar Negeri Ali Alatas sudah menyerahkan berbagai dokumen tentang keterlibatan petinggi GAM di Swedia dengan pemberontakan GAM di Aceh.
Sikap Swedia yang menutup kantor kedutaannya itu membuat banyak kalangan berang, tak kecuali Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) yang saat itu dijabat Amien Rais yang meminta agar Pemerintah Republik Indonesia memutuskan hubungan diplomatik dengan Swedia.